Maximilian III. (1558 – 1618) war nicht nur Gubernator von Tirol und Vorderösterreich, sondern auch Erzherzog von Österreich, Administrator von Preußen und Hochmeister des Deutschen Ordens. Der fromme und sittenstrenge Habsburger nimmt zwischen den Exzentrikern Ferdinand II. und Leopold V. den undankbaren Mittelsitz ein, weshalb er in der Erinnerung vieler Tiroler nicht fix verankert ist. Maximilian der Deutschmeister trat seinen Posten als Gubernator von Tirol und Vorderösterreich 1602 offiziell an. Er war ein frommer und tiefgläubiger Mensch. Wie viele Habsburger musste er die christliche Nächstenliebe auf eigenartige Weise mit dem Amt des Landesfürsten unter einen Hut bringen. Er zog sich regelmäßig für lange Perioden in die Abgeschiedenheit seiner Studierstube ins 1594 gestifteten Kapuzinerkloster zurück, um dort unter bescheidensten Verhältnissen und enthaltsam zu leben. Unter ihm zogen in Innsbruck strenge Sitten ein. Erzählungen nach soll Kindern das Spielen auf der Straße verboten worden sein. Als eifriger Vertreter der Gegenreformation war ihm die Manifestation des katholischen Glaubens ein besonderes Anliegen. Anders als seine Vorgänger wollte er das durch Sittenstrenge anstatt mit protzigen Bauprojekten erreichen. Er beschränkte sich auf die Vollendung bereits begonnener Gotteshäuser wie der Servitenkirche oder der Jesuitenkirche. Die Jesuiten erweiterten unter seiner Regentschaft ihren Bildungsauftrag durch ein Studium der Theologie und Dialektik. Das Dekanat Innsbruck wurde eingerichtet. St. Nikolaus erhielt einen eigenen Priester.

Seine Frömmigkeit schloss wissenschaftliches Interesse und daraus abgeleitete praktische Maßnahmen zum Wohl der Stadt aber nicht aus. Der Jesuit, Physiker und Astronom Christoph Scheiner, einer der Entdecker der Sonnenflecken neben Galileo Galilei, war drei Jahre lang am Innsbrucker Hof Maximilians und erforschte das menschliche Auge. Maximilian ließ sich von ihm ein Fernrohr einrichten und stellte gemeinsam mit Scheiner astronomische Forschungen an. Das Feuerlöschwesen der Stadt und die Hygiene der Ritschen, die als Kanalisation und Wasserquelle dienten, wurden verbessert.

Während seiner Regierungszeit hatte er mit dem Ausbruch einer Pestepidemie zu kämpfen. Die Dreiheiligenkirche in der Kohlstatt, dem Arbeiterviertel der Frühen Neuzeit beim Zeughaus, entstand aus diesem Anlass unter seiner Patronanz. Der Dreißigjährige Krieg brach 1618 unter seiner Regentschaft aus, verschonte Innsbruck aber zu größten Teilen. Im selben Jahr verstarb Maximilian. Sein Grab im Innsbrucker Dom zählt zu den eindrucksvollsten Gräbern der Barockzeit.

Neben ihm begraben liegt auch ein anderer Hochmeister des Deutschen Ordens aus dem Haus Habsburg mit Bezug zu Innsbruck. Erzherzog Eugen war der oberste Befehlshaber der österreichisch-ungarischen Armee an der Italienfront im Ersten Weltkrieg. Der Deutsche Orden zeigt die theologische Denkweise und die Verbundenheit von frommem Glauben und weltlicher Macht der Frühen Neuzeit anschaulich. Ergebene Frömmigkeit und Gottesfurcht traf in der Zeit bis 1500 häufig auf die Ausübung von weltlicher Macht. Der Orden wurde als Ritterorden um 1120 im Rahmen der Kreuzzüge in Jerusalem gegründet. Kirche und Rittertum vereinten sich, um Pilgern den Besuch der Heiligen Städten, vor allem der Grabeskirche, gefahrlos zu ermöglichen. Nach der Vertreibung aus Palästina engagierten sich die Ritter des Deutschen Ordens auf Seiten christlicher Magyaren in Siebenbürgen im heutigen Rumänien gegen heidnische Stämme. Im 13. Jahrhundert konnte der Orden unter Hermann von Salza im Baltikum im Kampf gegen die heidnischen Prußen viel Land gewinnen und den Deutschordensstaat errichten. Der christliche Orden trat als eine Art Staatlichkeit auf, die sich ähnlich den religiösen Fundamentalisten heute, auf Gott berief und dessen Ordnung auch auf Erden herstellen wollte. Es waren die Ideale wie christliche Nächstenliebe und der Schutz der Armen und Hilflosen, die auch den Deutschen Orden in seinem Kern antrieben. Damit passte er ideal zum Herrscherhaus Habsburg. Nach dem Niedergang des Ordens im 15. Jahrhundert in Nordosteuropa behielt der Orden durch geschickte Verbindung zum Adel und zum Militär vor allem im Habsburgerreich noch Besitzungen und Macht.