Das 12. Jahrhundert brachte in Teilen Europas wirtschaftlichen, wissenschaftlichen und gesellschaftlichen Aufschwung und gilt als eine Art früher Renaissance im Mittelalter. Über die Kreuzzüge kam es zum verstärkten Austausch mit den in vielerlei Hinsicht weiter entwickelten Kulturen des Nahen Ostens. Arabische Gelehrte brachten über Südspanien und Italien Übersetzungen griechischer Denker wie Aristoteles nach Europa. Das römische Recht wurde wiederentdeckt. In Italien entstanden die ersten Universitäten. Landwirtschaftliche Erkenntnisse erlaubten die Entstehung von Städten und größeren Siedlungen. Eine dieser Siedlungen befand sich nördlich des Klosters Wilten zwischen dem Inn und der Nordkette.

Als das weströmische Reich im 5. Jahrhundert zusammenbrach übernahmen bajuwarische Stämme die Kontrolle über das Gebiet des heutigen Innsbrucks. Gerne übernahmen sie kirchliche Einrichtungen und Strukturen, waren Kleriker doch häufig die einzigen, die der Schrift mächtig waren. Mit der Zeit Karls des Großen (748 – 814) begann sich in Zentraleuropa das Feudalsystem durchzusetzen. Die Herzöge von Bayern waren Lehensmänner der Deutschen Könige und Kaiser, deren Reich sich über weite Teile Zentraleuropas und Norditalien erstreckte.

Tirol hatte mit dem Reschen- und dem Brennerpass über zwei niedrige Alpenübergänge, die für die kaiserliche Verbindung zwischen den deutschen Ländern im Norden und den Ländereien in Italien wichtig waren. Im Jahr 1024 wurde Konrad II., ein Konkurrent der Bayerischen Herzöge, zum König gewählt. Um diese beiden Alpenübergänge weg von seinen bayrischen Konkurrenten und unter die Kontrolle der Kirche zu bringen, die dem Kaiser näher und treuer ergeben war, sprach Konrad II. das Territorium Tirols 1027 den Bischöfen von Brixen und Trient als Lehen zu. Um ihre Länder zu verwalten und die Gerichtsbarkeit auszuüben, benötigten die Bischöfe Vertreter vor Ort, die sogenannten Vögte. Die Vögte des Bischofs von Brixen waren die Grafen von Andechs. Sie stammten aus der Gegen des bayerischen Ammersees. Für die Bischöfe verwalteten sie den mittleren Teil des Inntals, das Wipptal und das Eisacktal. Dieses bayerische Fürstengeschlecht sollte in den nächsten 200 Jahren Geburtshelfer der Stadt Innsbruck werden.

Innsbruck erstreckt sich heute zu beiden Seiten entlang des Inns. Im 11. Jahrhundert stand dieses Gebiet unter dem Einfluss zweier Grundherren. Südlich des Inns hatte das Kloster Wilten seine Grundherrschaft. Das Gebiet nördlich des Inns gehörte den Grafen von Andechs. Während das südliche Stadtgebiet rund um das Stift schon früh landwirtschaftlich genutzt wurde, war das Schwemmgebiet des nicht regulierten Flusses vor dem Hochmittelalter nicht kultivierbar und wenig besiedelt. 1133 gründeten die Andechser hier den Markt Anbruggen und verbanden das nördliche und das südliche Innufer über eine Brücke. Aus dem landwirtschaftlich nicht nutzbaren Stück Land war ein Handelsplatz geworden. Die Brücke erleichterte den Warenverkehr in den Ostalpen ungemein. Die Zolleinnahmen des Handels zwischen den deutschen und italienischen Städten, die daraus erwirtschaftet wurden, ließen die Siedlung prosperieren. Das erste noch erhaltene Wappen Innsbrucks stammt aus dem Jahr 1267 und zeigt die Innbrücke auf den damals zur Sicherung verwendeten Steinkästen.

Anbruggen wuchs schnell, der Platz aber zwischen Nordkette und Inn war knapp bemessen. 1180 erwarb Berchtold V. von Andechs deshalb vom Kloster Wilten ein Stück Land auf der Südseite des Inns. Das war der Startschuss für Innsbruck. Die Grafen von Andechs ließen im Zuge der Errichtung der Stadtmauer die Andechser Burg bauen und verlegten ihren Stammsitz von Meran nach Innsbruck. Auch diese Siedlung wuchs rasch und irgendwann zwischen 1187 und 1204 konnten sich die Innsbrucker über das Stadtrecht freuen. Als offizielles Gründungsdatum wird häufig 1239 herangezogen, als vom letzten Grafen von Andechs Otto VIII. das Stadtrecht in einer Urkunde bestätigt wurde. Innsbruck war zu dieser Zeit bereits die Münzprägestätte der Andechser und wäre wohl zur Hauptstadt in deren Fürstentum geworden. Es kam aber anders. Otto starb im Jahr 1248 ohne Nachkommen. Die Grafen von Tirol übernahmen die Kontrolle über das Inntal und die Stadt. Sie machten Meran zur ersten Hauptstadt des Landes Tirol.