Eines der bekanntesten und für Innsbruck bedeutendsten Fürstenpaare regierte Tirol exakt während der Zeit, in der der Dreißigjährige Krieg Europa verheerte. Der Habsburger Leopold (1586 – 1632), im Jahr 1618 noch Bischof von Passau, wurde von seinem Bruder auserkoren, um die landesfürstlichen Regierungsgeschäfte im oberösterreichischen Regiment in Tirol und den Vorlanden zu führen. Er hatte die klassische Erziehung unter den Fittichen der Jesuiten genossen. In Graz und Judenburg studierte er Philosophie und Theologie, um sich für den machtpolitischen Bereich des Klerus vorzubereiten. Leopolds frühe Karriere steht für all das, was Protestanten und Kirchenreformer an der katholischen Kirche ablehnten. Mit 12 Jahren wurde er zum Bischof von Passau gewählt, mit dreizehn wurde er zum Koadjutor des Bistums Straßburg in Lothringen ernannt. Kirchliche Weihen hingegen erhielt er nie. Für die geistlichen Pflichten war sein Fürstbischof zuständig.

Leopold widmete sich leidenschaftlich der Politik. Er reiste viel zwischen seinen Bistümern und beteiligte sich an Feldzügen, Tätigkeiten, die einem Kirchenmann nicht unbedingt zur Ehre gereichten. Als Maximilian III. kinderlos verstarb, fungierte Leopold als habsburgischer Statthalter. Der ambitionierte Machtpolitiker war damit nicht zufrieden. Er wollte den Titel des Landesfürsten samt Huldigung und dynastischem Erbrecht. Innsbruck blieb durch Leopold landesfürstliche Residenzstadt. In seinen ersten Jahren als Regent war es notwendig, dass Leopold weiterhin zwischen seinen von den Wirren des Dreißigjährigen Krieges bedrohten Bistümern in Süd- und Westdeutschland reiste. Erst mit seiner Hochzeit wurde er in seiner Residenz sesshaft. 1625 verzichtete der mittlerweile zum Herzog Erhobene auf seine kirchlichen Besitztümer und Würden, um heiraten und eine neue Tiroler Linie des Hauses Habsburg gründen zu können. Zu seiner Braut wurde Claudia de Medici (1604 – 1648) vom mächtigen und reichen Fürstengeschlecht aus der Toskana erkoren.

Die Medici hatten mit Baumwoll- und Textilhandel, vor allem aber mit Finanzgeschäften ein Vermögen verdient und waren zu politischer Macht gekommen. Unter den Medici war Florenz das kulturelle und finanzwirtschaftliche Zentrum Europas geworden, vergleichbar mit dem New York des 20. Jahrhunderts. Im 17. Jahrhundert hatte die Stadt am Arno zwar an politischem Gewicht eingebüßt, in kultureller Hinsicht war Florenz aber noch immer die Benchmark. Leopold setzte alles daran, um seine Residenzstadt in diese Liga zu katapultieren. Die Hochzeitsfeierlichkeiten sollten der Verbindung zwischen Habsburg und Medici würdig sein. Es war eines der prächtigsten Feste in der Geschichte Innsbrucks und hielt die Stadt zwei Wochen lang in Atem. Das Brautpaar zog in einem langen Zug durch zwei eigens errichtete Pforten in der Stadt ein. Ein breites Unterhaltungsprogramm, darunter „Bears, Turks and Moors" left guests and citizens in raptures and amazement.

Leopolds Politik wurde von vielen Auseinandersetzungen mit den Landständen geprägt. Er war als Hardliner der Gegenreformation ein Unterstützer der kaiserlichen Truppen. Die finanziellen Mittel dafür stellte er über eine umfassende Steuerreform zu Ungunsten der Mittelschicht zur Verfügung. Die in Kriegen übliche Inflation durch das Stocken des für Innsbruck wichtigen Handels verschlechterte das Leben der Untertanen. 1622 verschärfte eine wetterbedingte Missernte die Lage, die durch die Zinsbelastung des Staatshaushaltes durch Altlasten ohnehin stets angespannt war. Auch sein Beharren auf flächendeckende Durchsetzung des modernen Römischen Rechtes gegenüber dem traditionellen Gewohnheitsrecht brachte ihm bei vielen Untertanen keine Sympathiepunkte ein. Das alles hielt Leopold und Claudia nicht davon ab, in absolutistischer Manier prächtig Hof zu halten.

Innsbruck was extensively remodelled in Baroque style during Leopold's reign. Spectacular festivities took place at court in the presence of the European aristocracy. Shows such as lion fights with animals from the princely herd, which Ferdinand II had established in the court gardens, theatre and concerts served to entertain court society. The manners of the harsh alpine farmers were also to improve. Swearing, shouting and the use of firearms in the streets were banned, as was the free movement of farm animals within the city limits. Waste, which was a particular problem when there was no rain and no water flowing through the canal system, was regularly cleaned up by princely decree.

Weniger prächtig als die Vorstellungen des Paares ihrer Residenzstadt war die Regierungszeit, die von den Konfessionskriegen geprägt war. Das Unterengadin, über das Leopold die Gerichtsgewalt hatte, war ein steter Unruheherd. Unter dem Vorwand, die dort ansässigen katholischen Untertanen vor protestantischen Übergriffen zu schützen, ließ er das Gebiet besetzen. Er konnte Aufstände zwar immer wieder erfolgreich unterdrücken, die Ressourcen, die dafür nötig waren, brachten Bevölkerung und Landstände in Rage. Auch an der Nordgrenze zu Bayern war die Lage unruhig und erforderte Leopold als Kriegsherrn. Herzog Bernhard von Weimar hatte Füssen eingenommen und stand bei der Ehrenberger Klause vor den Landesgrenzen. Innsbruck blieb zwar von direkten Kriegshandlungen verschont, war aber dank den nahen Fronten trotzdem Teil des Dreißigjährigen Krieges.

After Leopold's early death, Claudia ruled the country with the help of her court chancellor Wilhelm Biener (1590 - 1651) with modern, early absolutist policies and a strict hand. Biener centralised parts of the administration and disempowered the often corrupt and arbitrary local petty nobility in favour of the prince in order to finance the expansion of the Tyrolean defence system. The Swedes, who were notorious for their brutality, threatened the Tyrolean borders, but could thus be repelled. Defence fortifications were built near Scharnitz on today's German border and named after the sovereign princess Porta Claudia called. Remains of it can still be seen today. The inconvenient Biener was recognised by Claudia's successor, Archduke Ferdinand Karl, and the provincial estates as a Persona non grata imprisoned and beheaded in 1651 after a show trial.

A touch of Florence and Medici still characterises Innsbruck today: both the Jesuit church, where Claudia and Leopold found their final resting place, and the Mariahilf parish church still bear the coat of arms of their family with the red balls and lilies. The Old Town Hall in the old town centre is also known as Claudiana known. The theatre in Innsbruck is particularly associated with Leopold's name to this day, and a fountain on the forecourt commemorates him. A street name in Saggen was dedicated to Chancellor Wilhelm Biener.