Mit dem Nationalsozialismus wurden die meisten politischen Stellen und Posten im öffentlichen Dienst neu vergeben. Der Führerkult und die Ideen der nationalsozialistischen Partei wurden auf allen Ebenen strukturell einzementiert. Innsbrucks Bürgermeister Franz Fischer wurde am 12. März 1938 durch Egon Denz ersetzt. Landeshauptmann Josef Schumacher (1894 – 1971) wurde von Edmund Christoph kurzfristig abgelöst bevor im Mai 1938 Franz Hofer (1902 – 1975) den Platz als Gauleiter, ab 1940 Reichsstatthalter, eingesetzt wurde.

Franz Hofer wurde im salzburgerischen Bad Hofgastein in eine Hoteliersfamilie geboren. Nachdem er in Innsbruck die Schule besucht hatte, betrieb er ein Radiogeschäft. Bereits 1931 wurde er Mitglied der NSDAP in Österreich. Als die nationalsozialistische Partei in Österreich verboten wurde, kam Hofer als deren Gauleiter 1933 in Haft, wurde aber von Mitgliedern der SA befreit. Bei dieser Flucht wurde er angeschossen, konnte aber nach Italien flüchten. Anschließend begab er sich nach Deutschland, wo er deutscher Staatsbürger wurde und innerhalb der Partei eine steile Karriere hinlegt.

Kurz nach dem Anschluss Österreichs wurde Hofer auf Geheiß Hitlers am 24. Mai 1938 zum Gauleiter Tirol und Vorarlberg ernannt. Er war in dieser Zeit an der Planung der NS-Verbrechen in Tirol maßgeblich beteiligt. Zudem bereichert sich Hofer großzügig auch persönlich an arisiertem Vermögen. So kam zum Beispiel die Villa Schindler am Rennweg 10 in seinen Besitz, ebenso der Lachhof in Kleinvolderberg nahe Innsbruck, wo er sich eine kleine Kommandozentrale einrichtete.

1940 wurde er zum Reichsstatthalter von Tirol-Vorarlberg ernannt. Hofers Pläne waren ambitioniert, Tirol war ein guter Nährboden. Im Verhältnis zur Einwohnerzahl gab es in den österreichischen Gauen nirgends mehr Parteimitglieder als hier. Dem Ziel, den ersten vollkommen judenfreien Gau zu haben, war Hofer schon 1939 recht nahe, ein Jahr später war nur noch ein Jude in Tirol gemeldet.

Als Italien 1943 endgültig unter die Kontrolle Deutschlands kam, wurde Hofer zum Obersten Kommissar der Operationszone Alpenvorland ernannt. Diese Zone bestand aus Tirol-Vorarlberg und den oberitalienischen Provinzen. Es war auch Franz Hofer, der die Idee zur sogenannten Alpenfestung, der letzten Bastion des deutschen Volkes gegen den Feind hatte. Noch am 12. April 1945, weniger als einen Monat vor Kriegsende, unterbreitete er diesen Vorschlag persönlich Adolf Hitler, der ihn daraufhin zum Reichsverteidigungskommissar der Alpenfestung machte.

Nach Verhandlungen mit den heranrückenden alliierten Streitkräften wurde Innsbruck am 3. Mai 1945 kampflos als offene Stadt übergeben und somit von verheerenden Kämpfen zum Kriegsende verschont. Trotz dieser Vernunftmaßnahme blieb Hofer auch in der Niederlage noch fanatischer Nationalsozialist wie seine Rede im Radio vom 30.4. zeigt:

„Sollte aber der Feind trotz heldenhaften Kampfes doch einmal vor den Toren Innsbrucks stehen, würde eine Verteidigung der Gauhauptstadt unter den gegebenen Verhältnissen keinesfalls das Ärgste ersparen, sondern vielmehr das Letzte vernichten…. Umso zäher aber wollen wir uns in unserer Berge krallen…“

Hofer wurde wenige Tage später festgenommen. Im Oktober 1948 konnte Hofer aus dem Internierungslager Dachau entkommen und nach Deutschland flüchten, wo er in Mühlheim an der Ruhr unter falschem Namen untertauchte. Es ist nicht gesichert, aber durchaus möglich, dass amerikanische und britische Geheimdienste dem einstigen Widersacher bei der Flucht behilflich waren, um ihre Methoden gegen den Nationalsozialismus auf Tiroler Boden, die nun im Einsatz gegen die Sowjetunion waren, damit schützen wollten, wären diese bei einer Verhandlung wohl offen zur Sprache gekommen. Ein Gericht in München verurteilte ihn 1949 in Abwesenheit zu 10 Jahren Haft. Im Juli 1953 wurde dieser Richtspruch in München bestätigt, allerdings die Haft auf drei Jahre Dauer herabgesetzt. Durch Anrechnung der bisherigen Haftzeiten blieb Hofer allerdings auf freiem Fuße. Ein Gericht in Österreich verurteilte ihn 1949 zum Tode. Eine Strafverfolgung fand allerdings nicht statt. Zu seinen Fürsprechern zählten unter anderem der Bischof von Brixen, Johannes Baptist Geisler und der Tiroler Landeshauptmann Alfons Weißgatterer. In einem Verfahren in Innsbruck wurde 1950 sein Vermögen von der Republik Österreich eingezogen.

Ab 1954 lebte Hofer unter seinem echten Namen in Deutschland. Er führte die Ruhr Armatur GmbH, ein Unternehmen für Sanitärbedarf. Seine Beteiligung an der Aktion T4 in Tirol, der „Vernichtung lebensunwerten Lebens“, wurde zwar vor Gericht als Verfahren eingeleitet, das Verfahren jedoch 1963 eingestellt.

Hofer war ein Liebhaber Tiroler Tradition. Er förderte in seiner Zeit in Tirol volkstümliche Musik, Trachtenwesen und die Tiroler Schützen. Diese Vereine wurden offiziell 1938 aufgelöst, unter ihm aber in den Stammschützenverband überführt. Der Leiter der Stadtmusikkapelle Wilten-Innsbruck, Sepp Tanzer, den er zum Leiter des Referats Volksmusik in der Reichsmusikkammer machte, komponierte für ihn den Stammschützenmarsch. Bei Hofers Beisetzung 1975 in Mühlhausen war eine Abordnung der Tiroler Schützen anwesend, um dem bis zu seinem Tod überzeugten Nationalsozialisten Hofer die letzte Ehre zu erweisen. Der Bau des Tiroler Landhaus, das bis heute Sitz der Tiroler Landesregierung ist, wurde unter Hofer begonnen und ist bis heute Stein gewordene Erinnerung an den Gauleiter Tirols.